Ochrana proti chorobám a škůdcům
Bonsaje bývají jen výjimečně poškozovány živočišnými škůdci, neboť jejich pěstitelé je téměř denně prohlížejí. Na některých listnáčích se objeví první okřídlená mšice, první housenka a neujde oku pěstitele, dokud se jeho sbírka nerozroste tak, že je nepřehledná. Všímá si dokonce, jak rychle voda při zalévání odtéká z odpadových otvorů. Kde proteče substrátem příliš rychle, usoudí, že se do nádoby nastěhovala dešťovka a tvoří v substrátu chodby. Někdy ji vypudí poklepem na nádobu, nebo stromek za-leje, aby kořenový bal držel lépe pohromadě, a z nádoby jej opatrně vyklopí. Dešťovka vede chodby obvykle podél stěny nádoby. Když ji odstraní, zasype chodbičky a substrát shora přitlačí. Jsou sice přípravky, jimiž se substrát zaleje a dešťovky zahynou, ale vyhloubené chodbičky se nezaplní a rychlý odtok z nádoby se neodstraní.
Rostliny v nádobě neohrožují krtci, myši, kočky, kosi a vrabci, popřípadě i mravenci, tak jako rostliny na záhoně. V zahradě umísťujeme bonsaje na lavicích nebo na policích, kam se škůdci jako plži, larvy kovaříka (drátovci), škvoři aj. tak snadno nedostanou. Po dešti stojí za to jít si prohlédnout s baterkou tu část zahrady, kde jsou umístěny bonsaje. Je až neuvěřitelné, kolik hmyzu tu uvidíme! Pak nejeden pěstitel začne po zahradě rozprostírat staré koberce a každé ráno ničit pestrou společnost škůdců, kteří se zde skryli. Začne sypat různé ochranné přípravky, škůdců se však nezbaví, protože uvolněná místa obsadí škůdci ze sousedních pozemků.
Na příliš suchých stanovištích se může naspodu listů usadit svi-luška zvaná „červený pavouček“. Napadené listy předčasně žloutnou a usychají. Svilušky se rychle množí a vysávají živiny z rostlinného pletiva. Ale právě tak rychle se zničí postřikem celé rostliny insekticidními přípravky. Proti škůdcům na kořenech se užívají přípravky tekuté při zálivce. Kořeny roztok přijmou, rozvedou jej do celého těla rostliny a škůdci uhynou. Přípravek tohoto druhu při správném ředění rostlinám neškodí (Jamix).
Choroby, pokud se vůbec u bonsají vyskytují, jsou vyvolávány převážně různými druhy hub (nejčastěji padlí). Škodí i škůdci, z nichž se nejčastěji setkáváme se mšicemi, siluškami, štítenkami.